第一个方面：风冷式冷水机组通过铜管和铝翅片从冷凝器散热。需要一个风扇将室外空气吹入换热翅片，以排出冷凝器中的热量。因此，不需要冷却塔，但在相同功率下，设备更大，噪音更高；水冷式冷水机组的冷凝器通过换热器与冷却水进行换热。多余的废热会通过冷却水环路输送到冷却塔释放到大气中，或进入水-水换热器或土壤换热盘管储存起来，因此，水冷式冷水机组不需要风扇散热，而是需要冷却塔或水（地）源换热管道。冷却水系统比风冷机组多一个。同功率机组体积小，不占空间，噪音低，但需要冷却泵，设备需要机房。
第二个方面：在制冷和制热的切换方面：风冷机组是一个制冷剂回路，通过四通阀切换流向，冷凝器和蒸发器可以互换。夏天，热量从室内传递到室外；冬天，热量从室外吸收到室内。水冷机组不具备蒸发器和冷凝器的交换能力，因此与冷却塔相连的机组不具备加热功能（需要与外部锅炉相连）。热泵机组需要在冷冻水和冷却水回路之间切换，机房内增加8个水回路切换阀。夏季冷水进屋，热水进外部盘管。冬季热水进屋，冷水进外部盘管。
